SEZ এর জমি নিয়ে প্রতারণা করেছে দেশের বিভিন্ন শিল্পগোষ্ঠী। সুপ্রিম কোর্টে দায়ের করা কৃষকদের তরফে মামলায় এরকমই অভিযোগ করা হয়েছে। SEZ এর নামে জমি নিলেও তা শিল্পের কাজে ব্যবহার না করে জমিকে বন্ধক দিয়ে ব্যাঙ্ক থেকে ঋণ নিয়েছে বিভিন্ন শিল্প গোষ্ঠী। ২০০৫ সাল থেকে আজ পর্যন্ত SEZ এর নামে ৫০ হাজার হেক্টর জমি অধিগ্রহণ করা হলেও মাত্র ৩৬০ হেক্টর জমি সেই কাজে ব্যবহার করা হয়েছে বলে অভিযোগ। এই বিষয় কেন্দ্রের কী মত তা জানতে চেয়েছে সুপ্রিম কোর্ট।